Центр у різні роки очолювали д.е.н., професор Іван Давидович Якушик (1999–2000 рр.), к.ю.н., професор Володимир Іванович Антипов (2001–2002 рр.), д.ю.н., професор Володимир Михайлович Попович (2002–2005 рр.), д.ю.н., професор, член-кореспондент Національної академії правових наук України Василь Васильович Костицький (2006 р.), з вересня 2007 року по 2012 рік д.е.н., професор Захарій Степанович Варналій, а з 2012 по 2015 рік д.ю.н., с.н.с. Андрій Миколайович Новицький.

Щорічно в НДЦ ПО в середньому виконувалося 6 планових науково-дослідних тем, 2–3 госпрозрахункових теми, 30–40 експрес-досліджень за дорученням керівництва ДПС України тощо. В загальному підсумку за 18 років виконано 103 науково-дослідних теми.

Протягом діяльності Центру проведено понад 60 науково-комунікативних заходів. Видано понад 1100 наукових праць, з них 94 монографії, понад 20 підручників, більше як 90 навчальних посібників та збірників наукових праць тощо.

Належна увага в НДЦ з проблем оподаткування приділялася питанням підготовки власних наукових кадрів. Так протягом його діяльності було захищено 9 докторських та 19 кандидатських дисертацій.

Також в Центрі було створено раду молодих вчених, яка виступила співорганізатором щорічного Всеукраїнського конкурсу наукових робіт молодих вчених імені М. І. Туган-Барановського, основною метою проведення якого був пошук та заохочення талановитої молоді до проведення наукових досліджень у сфері оподаткування.

      Першим директором НДІ фінансового права (2002–2005 рр.), який сформував базові засади діяльності установи, був к.ю.н., професор Володимир Іванович Антипов. Його правонаступником стала д.ю.н., доцент Оксана Володимирівна Солдатенко (2005–2012 рр.), а з 2012 по 2016 рік Інститут очолював к.е.н., доцент Дмитро Миколайович Серебрянський.

За 15 років діяльності інституту співробітниками виконано десятки науково-дослідних робіт, видано понад 50 монографій, словників, довідників, коментарів, енциклопедії, навчальних підручників та посібників, у тому числі підготовлено понад 2 600 друкованих аркушів наукової продукції

З вересня 2007 року на базі інституту видавався щоквартальний фаховий науковий журнал «Фінансове право». За дев’ять років спільнота вже змогла ознайомитися з 377 науковими працями, опублікованими у 34 номерах (серед яких 61 написані докторами наук, 192 кандидатами наук).

За час існування НДІ фінансового права 25 співробітників успішно захистили дисертаційні роботи на здобуття наукового ступеня доктора і кандидата наук.

За 15 років інститутом було проведено більше 56 науково-комунікативних заходів з них 9 міжнародних науково-практичний конференцій. Найбільш масштабною була конференція «Фінансове право в ХХІ сторіччі: здобутки та перспективи», присвячена до 10-річчя наукової установи. За роки діяльності інституту наукові співробітники стали учасниками близько 650 наукових заходів, з яких понад 230 – міжнародні.

       Першим директором ДНДІМС був к.ю.н., заслужений юрист України, Державний радник митної служби І рангу Анатолій Петрович Павлов, з 2010 по 2014 рік його очолював д.е.н, доцент, Радник митної служби І рангу Іван Григорович Бережнюк, а з 2014 по 2016 рік – к.пед.н, с.н.с, Радник митної служби І рангу Ольга Степанівна Нагорічна.      Лише за 8 років свого існування Інститутом виконано 85 науково-дослідних та дослідно-конструкторських робіт з економічного, організаційно-управлінського, організаційно-правового та інформаційно-технічного напрямів здійснення митної справи, оприлюднено результати наукових досліджень (більше 700 публікацій).

Інститут був засновником наукового журналу «Митна безпека». ДНДІМС був ініційований проект «Створення Комунікативного центру сприяння зовнішньоекономічній діяльності», який було підтримано Хмельницькою обласною державною адміністрацією та включено до Плану заходів з реалізації Стратегії регіонального розвитку Хмельницької області на 2015–2017 роки.

Науковці ДНДІМС стали переможцями в номінації «Гуманітарні НДР» XI обласного конкурсу (м. Хмельницький) науково-дослідних робіт в номінації «ГУМАНІТАРНІ НДР» за науково-дослідну роботу «Розбудова митної справи України: витоки, реалії, перехід до сталого розвитку» з врученням 1-ї премії.